Os termos de cooperação e as bases normativas de criação da Ripsa estabelecem como mecanismos e instrumentos do processo de trabalho conjunto:

Oficina de Trabalho Interagencial (OTI) - responsável pela condução técnica, planejamento participativo e assessoria especializada ao Conselho Nacional de Saúde, sendo composta pelas entidades de responsabilidade nacional na produção, análise e disseminação de dados e informações;

Comitês Temáticos Interdisciplinares (CTI) - constituídos mediante proposição da OTI, para analisar questões metodológicas e operacionais relacionadas aos produtos da Rede, sendo integrados por representantes das entidades identificadas com temários específicos de trabalho;

Comitês de Gestão de Indicadores (CGI) - constituídos por subconjuntos temáticos, com a incumbência de aperfeiçoar continuamente as bases de dados disponíveis, mediante análises e adequações periódicas;

Secretaria Técnica - encarregada da elaboração e proposição dos procedimentos operacionais e do apoio executivo às estruturas colegiadas;

Matriz de Indicadores - organizada pela Secretaria Técnica e aprovada pela OTI, tendo por finalidade selecionar os indicadores a serem trabalhados na Rede, com sua denominação, conceituação, método de cálculo, categorias de análise e fontes de dados. Esses indicadores constituem a base comum de trabalho das instituições integradas na Rede, sendo revisados periodicamente;

Planejamento Operacional de Produtos (POP) - que estabelece a programação anual da Rede - produtos, atividades e tarefas - e define responsabilidades pelo seu desenvolvimento;

Base comum de dados e indicadores - sediada no Departamento de Informática do SUS (Datasus), que provê os instrumentos de transferência eletrônica de dados pelas instituições fontes produtoras, bem como os recursos informacionais para sua veiculação.